「既設橋梁の耐震補強工法事例集　平成17年4月」における支承縁端距離について

これには明確な正解がないんですよね。
まず「Sの確保が不可欠となります」という思い込みを排除した方がいいです。

海洋架橋の本もⅡ-258ページに「できるだけ支承縁端距離S以上とすることが望ましい」とあるように
そもそも支承じゃないものにSの確保が必要なのかという話もあります。
推測ですが海洋架橋の本は補強の場合に圧縮側の鉄筋でSを確保するのは現実的ではないから妥協案という意味で記載していると思われます。
全てのルールに準拠すると必要な対策はできないことが多いです。

例えば新設RC構造の場合、パラペットと同じような配筋にすることで橋台側面に合わせて壁を設置することはよくありますよね。

道路協会はこういう時のスタンスとして「発注者と協議して決めるべき」ということが多いので
発注者と決めればいいんじゃないでしょうか。

個人的にはアンカーにせん断力が卓越する構造の場合にSを確保するものと考えますので、
曲げ引張が卓越する横変位拘束構造には適用しなくていいと思っています。
それよりも主筋の定着の方に気を使うべきかと。